O Programa de Pesquisas em Conservação e Uso Sustentável da Biodiversidade do Estado de São Paulo, denominado BIOTA/FAPESP - O Instituto Virtual da Biodiversidade, foi criado em 1999 com base nas premissas da Convenção sobre a Diversidade Biológica. O objetivo é fomentar um amplo programa de pesquisas em conservação da biodiversidade, que subsidie estratégias públicas de planejamento ambiental e desenvolvimento sustentável.
O SinBiota é produto de um dos Projetos Temáticos que integram o Programa Biota/Fapesp ("Desenvolvimento e estruturação de um Sistema de Informação Ambiental para o Programa Biota/Fapesp", processo 98/05117-1). Foi financiado pela Fapesp (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo) de 1999 a 2002. Este projeto foi desenvolvido em parceria com o Instituto Florestal, na confecção dos mapas digitalizados, com a Universidade Estadual de Campinas, na concepção do Banco de Dados e auditoria dos mapas e com o CRIA - Centro de Referência em Informação Ambiental, no desenvolvimento do sistema computacional que interliga o banco de dados textual com a base de dados cartográfica. O CRIA é atualmente o responsável técnico do SinBiota.